雅各布设下陷阱,安排艾米丽戴上假发、坐在沙发中等待迈克尔自投罗网。被囚禁的莎拉认清了雅各布的真面目——一个思想极端的疯子。他坦言自己为了得到莎拉,故意将迈克尔送往也门执行所谓的“解救任务”,实则是想借机除掉他。莎拉毫不退缩,坚信迈克尔能战胜这个疯狂的计划。在最后关头,她说出了雅各布杀害哈伦副局长并栽赃给迈克尔的真相。这番话令一旁的梵震惊不已,而雅各布恼羞成怒封住莎拉的嘴,反而加深了梵的怀疑。
雅各布假意离开引诱迈克尔现身,艾米丽举枪对准迈克尔时,梵挺身阻拦,要求将迈克尔交给联调局并彻查哈伦之死。但艾米丽执迷不悟,开枪击倒梵。迈克尔趁机带儿子麦克躲进车库,让他去找林肯,自己则奋力挡住门口。莎拉挣脱束缚从背后击晕艾米丽,然而两人赶到外面时,却看见雅各布已接走麦克、驾车离去。他们发现林肯中弹倒在车中,伤重但无生命危险。匆忙送医后,迈克尔与莎拉在警方赶到前离开。
雅各布将麦克带往大学办公室,梭罗正全力破解迈克尔纹身的秘密。为控制麦克,雅各布谎称莎拉已遭通缉犯卡尼尔·乌提斯杀害。天真的麦克看到通缉令信以为真,甚至在迈克尔来电时怒斥父亲离开。
迈克尔识破雅各布对麦克的洗脑阴谋,决定全面反击:莎拉前往医院确认林肯安全;茶包哥与维普则去寻找另一张王牌——“蓝色夏威夷人”;迈克尔亲自潜入雅各布的大本营。
雅各布误判迈克尔行踪,带艾米丽赶往动物园,却不知这是迈克尔声东击西之计。梭罗虽破解了手掌纹身——一句拿破仑名言“永远不要在敌人犯错时打断他们”,但真正关键其实是迈克尔手背上的雅各布面部纹样。凭借这一设计,迈克尔成功骗过识别系统,潜入办公室取得存有“21真空”组织全部机密的硬盘。
尽管双方各握筹码——迈克尔有硬盘,雅各布有麦克,彼此僵持不下。两人约定次日傍晚在船坞交换。而莎拉在医院意外发现梵虽重伤不能言语,却写下麦克被关的地点。茶包哥与维普也顺利找到“蓝色夏威夷人”,他是一位擅长场景重建的专家,曾受迈克尔救助,如今鼎力回报。
团队重聚时林肯也归队,最终决战拉开序幕。
船坞对峙中,雅各布拒绝交还麦克。迈克尔举枪却被艾米丽制伏,维普试图反击却反遭枪击。茶包哥为救儿子不顾一切冲出,扭断艾米丽脖颈。联调局突击队此时涌入现场,指控迈克尔为恐怖分子。
雅各布逼迈克尔取硬盘时,莎拉来电告知麦克已获救、梭罗被捕。雅各布情急之下欲杀迈克尔灭口,却追入一间仿林间小屋的布景中——那是重现他杀害哈伦现场的场景。
迈克尔早已布局:他不仅在办公室取得硬盘,更留下哈伦的血液痕迹。结合硬盘证据与梭罗供词,中情局最终瓦解了内部叛乱组织,还迈克尔清白与自由。
阳光之下,迈克尔、莎拉与家人重聚,享受久违的平静。而雅各布虽微笑着入住福克斯河监狱,自信不久将获释——直到他看见上铺的茶包哥,笑容顿时凝固。